Büyük bir Türk amirali, coğrafya ve matematik bilginidir. İstanbul, Galata'da doğdu. İstanbul'un fethinden sonra Sinop'tan gelerek buraya yerleşen denizci ailenin oğludur. Dedesi ve babası tersane kethüdasıydı. O da küçük yaşta tersane hizmetine girdi.

Barbaros Hayreddin Paşa'nın yanında yetişti. Seydi Ali Reis, tersane kethüdası olduğundan bir deniz harekatında bağımsız olarak kumandanlık yapmadı. Rodos'un fethine (1522) ve daha sonra Akdeniz'de cereyan eden bütün deniz savaşlarına Hayreddin Paşa'nın yanında katıldı ve batı Akdeniz bölgesini çok iyi öğrendi.

Preveze Deniz Savaşında (1538) Osmanlı Donanmasının sol tarafına komuta ederek büyük yararlıklar gösterdi ve bu savaştan sonra adı daha çok duyulmaya başlandı. Trablusgarp'ın fethiyle biten harekatta Kaptan-ı Derya Sinan Paşa ve Turgut Reis emrinde çalıştı (1551)

Kanuni Sultan Süleyman tarafından, Portekiz donanmasıyla girdiği deniz savaşında netice alamayan Koca Murat Reis'in yerine Hint Kaptanlığına atandı ve Basra'daki donanmayı Süveyş'e getirmekle görevlendirildi. 15 gemiyi derhal tamir ettirerek uygun deniz mevsimi için beş ay bekledi ve donanması ile Basra'dan ayrıldı (1554) Basra'dan aldığı 15 kadırga ile Süveyş'e doğu yol alırken Horfakan şehri açılarında 25 parçalık Portekiz donanmasıyla karşılaştı. Yapılan çarpışmada Portekizliler bir gemi kaybedip geri çekilince yoluna devam etti.

Maskat yakınlarında 34 parçalık bir Portekiz donanmasının saldırısına uğradı. Güney Arabistan sahillerinde dağların denize dik inmesinden faydalanarak, gemilerini Portekiz donanmasıyla kıyı arasına soktu, savaş başladığı zaman dağların kestiği rüzgar sebebiyle Portekiz donanmasının yelkenli gemileri hareketsiz kaldı, kürekli gemileriyle hızlı hareket ederek düşmanın sayı üstünlüğünü yok etmeye çalıştı. Yapılan savaşta Portekizlilerin altı gemisi batırıldı, Osmanlı donanmasının da beş gemisi battı, biri de yandı (1554)

Umman sahilindeki Zufar limanı geçilerek Şihr şehri hizasına gelinince, günbatısı yönünden fil tufanı denilen bir fırtına çıktı. Çıkan fırtına yüzünden Seydi Ali Reis kalan dokuz kadırgalık donanmasıyla birlikte kıyıdan uzaklaşmak zorunda kaldı. Fırtınaya kapılan, günlerce denizde çalkalanan gemiler doğuya doğru sürüklenerek Hindistan kıyılarına, Gücerat Sultanlığının Demen kalesi önüne gelebildi. Burada üç gemi karaya vurdu; geri kalan gemilerdeki top ve levazımı bırakarak Seydi Ali Reis elindeki altı gemiyle Surat limanına girdi; çünkü Portekiz donanması onu yakalamak için dolaşıyordu

Seydi Ali Reis buradan Gucerat'ın başkenti Ahmedabad'a gitti. Harap gemilerle Süveyş'e ulaşmak imkansız olduğundan, kalan gemiler satılıp karadan İstanbul'a dönülmesine karar verildi. Seydi Ali Reis Gucerat sultanı Ahmet Han tarafından iyi karşılandı. Daha sonra adamlarından bir kısmı Gucerat Sultalığı'nın emrine girdi. Seydi Ali Reis, Ahmedabad'tan Sind memleketinin başkenti Multan'a, oradan Lahor'a, bu şehirden de Delhi'ye gelerek Timuroğullarından Hümayun Şah'ın huzuruna çıktı (1555)

Hümayun Şah'ın ölmesi üzerine Afganistan - İran yoluyla Anadolu'ya hareket etti (1556) Bundan sonra Kabil, Semerkant, Buhara, Meşhet şehirlerinde hükümdarları gördü.

Buhara civarında Özbeklerin saldırısına uğradı ve yaralandı. İran da Meşhet valisi tarafında tutuklandı, daha sonra serbest bırakılarak Şah 1.Tahmasp'a gönderildi. Bir süre göz hapsinde kaldıktan sonra Anadolu'ya geçmesine izin verildi ve Şah'ın Kanuni'ye yazdığı bir mektubu da alarak Kazvin'den ayrıldı (1557) Aynı yıl Bağdat'a ulaştı. böylece Basra'dan çıkışından 3 yıl 7 ay sonra tekrar Osmanlı ülkesine dönüyordu.

Seydi Ali Reis 1557 mayıs ayı başlarında İstanbul'a vardı ve Edirne'de bulunan hükümdarın yanına gitti. Süveyş donanmasının uğradığı kayıptan dolayı padişahtan af diledi. Dolaştığı yerlerde görüştüğü hükümdarların verdiği 18 nameyi sundu; Ali Reis mahvolmuş bir donanmanın sorumlusu olmakla beraber, başına gelen olağanüstü olaylar kabul edilerek suçlu görülmedi, önce Müteferrika yapıldı, sonra Diyarbakır tımar defterine tayin edildi.

Denizcilikteki ününün yanı sıra denizcilik, coğrafya, astronomi gibi konularda da yetki sahibi, dolaştığı yerlerde görüştüğü hükümdarların verdiği 18 nameyi sundu; Ali Reis mahvolmuş bir donanmanın sorumlusu olmakla beraber, başına gelen olağanüstü olaylar kabul edilerek suçlu görülmedi, önce Müteferrika yapıldı, sonra Diyarbakır tımar defterine tayin edildi. Bir süre şehzade Selim'in hizmetinde çalıştı; Galata Hassa gemi reislerinden biri oldu (1560). Son görevi bilinmemektedir. 1562 yılında İstanbul'da öldü.

Bir bilim adamı olan Seydi Ali Reis'in bu konularda bıraktığı eserler şunlardır:

1. Mirat-ı Kainat; Kainatın Aynası
2. Hulasat el-Heyyet; Kısa Astronomi
3. Kitap el-Muhit fi İlm el-Eflak ve'l-Buhur; Felekler ve Denizler Biliminde Okyanus Kitabı
4. Mir'at el-Memalik; Ülkelerin Aynası

Son iki eser batı dillerine de çevrilmiştir Başından geçen olayları anlatan Mirat-ül-Memalikin (Memleketlerin Aynası) 1557 adlı seyahatnamesi donanmasının akıbetini ve emrindeki adamların hesabını veren bir müdafaname gibi düşünülebilir. Gucerat devletinin başkenti Ahmedabad'ta yazdığı Muhit (1554) basılmamıştır.

Ali Kuşçu'nun matematiğe ait kitabını Hülasat-ül-Heyyet adıyla Türkçe'ye çevirdi (Halep 1549)

Beş makale ve 120 fasıl halindeki Mirat-ül-Kainat (Kainatın Aynası) astronomi ilmine aittir.

Katibi mahlasını kullanan Seydi Ali Reis'in şiirleri de bulunmaktadır.